2015年12月1日火曜日

第58回 ImageJの便利な機能と操作テクニックで学ぶ!

この記事は参考記事を援用して、筆者の考えも交えつつ、記述しています。

ImageJにはショートカットキーの登録やコマンドファインダなどの便利な機能があります。
今回はこのような普段あまり気にすることがなかったようなImageJの機能や操作テクニックについて説明を行います。


ユーティリティ


ImageJのPluginsメニューのサブメニュー<Utilities>から”Find Commands”を選択すると、図のような、コマンドファインダーというウィンドウが現れます。



例えば、この画像上の”Search”ボックス内にFF・・・と入力すると、部分一致検索でFFT(高速フーリエ変換)などのコマンドが検索結果で取得でき、このウィンドウの下部にある<Run>ボタンを押すと、画像のFFTが実行されます。



このコマンドファインダは、CommandキーとLキーでショートカットになっており、これを押して表示させることもできます。コマンドリストからFFTを選択して、ダブルクリックしても同様の処理ができます。
Command Finderを閉じる場合は、ウィンドウクローズボタンでもいいのですが、ESCキーで閉じることもできます。

このようにショートカットとコマンド検索をうまく使えば、時間を節約して簡単に画像処理ができます。
また、同じUtilitiesサブメニューにあるSearch機能は次の図のように、マクロやスクリプト、またフォルダを指定して画像ファイルなどを検索すると、Log画面に結果を表示します。



該当するファイルをLogウィンドウからダブルクリックするだけで、画像が表示されます。
プラグインやマクロをサーチすると、ソースコードが表示されます。
処理のUndoはZキーで、RedoはRキーで実行できます。


バーチャルスタックとハイパースタック


バーチャルスタックは画像群(スタック)をRAMの小さなコンピュータ上で使用するのに役立ちます。バーチャルスタックは、スタック画像をあらかじめ開いておき、Image>Hyperstacksから変換をします。
これは表示されたスタックの中の特定の画像のみに対して画像処理することから、スタックの画像を別の画像に変えると、バーチャルスタック画像およびバーチャルスタックに施した処理は保持されないため、気をつける必要があります。
ただし、ImageJメニューの<Process/Batch/Virtual Stack>を選択すれば、バーチャルスタックをバッチ処理化して保存する(操作手順を記録しておき、後から再現する)ことができます。手順は以下のとおりです。

1. Open a virtual stack
2. Run Process>Batch>Virtual Stack. . .
3. Select an Output folder and Output format
4. Select ‘Crop’ from the Add Macro Code drop-down menu
5. Edit the macro code as needed and press the Test button to verify the macro 6. Click Process to create the cropped virtual stack

ImageJのハイパースタック機能は、4次元、5次元画像の閲覧に適しています。3次元幾何学空間と、カラーやウェイブチャネルおよび時間を加えた五次元を表示できます。サンプルファイルとして、ImageJではMitosis(有糸分裂)という5Dスタックの画像があるので、これで試すことができます。



ImageJのテキストエディタ


ImageJでは、マクロ、プラグインやスクリプトなどを使って、ユーザ独自で拡張できますが、その場合のほとんどが、ImageJ付属のテキストエディタを使うことになります。ImageJのテキストエディタは”指定行番号へジャンプ”や”画像情報へコピー”など、さまざまな機能が搭載されています。図に、エディタの便利な機能を示します。




もちろん、Microsoft Wordのようにショートカットキーが使用できるため、編集作業も効率的に行うことができます。
マクロを実行する場合は、Ctrl+Rキー、コードのラインを実行する場合は、Ctrl+Yキー、編集したマクロをプラグインに実装する場合はCtrl+Iキー、マクロ機能のサーチ機能で特定のマクロを探す場合はCtrl+Shift+Fキーなど、さまざまです。
マクロ機能は日々増え続けており、現在では300種類を超えるマクロが公開されています。
また、マクロと比べて高度ではありますが、スクリプトも使用できます。

今回は、最近のImageJの便利な機能を利用して画像処理効率を上げる方法を紹介しました。ImageJの豊富な機能を組み合わせると、市販のDICOMビューワよりもはるかに高度な画像解析ができることを実感できます。

次回も続けてImageJに最近加えられた便利な機能を紹介します。


参考記事:「山本修司:ImageJで学ぶ実践医用・バイオ画像処理.INNERVISION(25・7) 2010, p76-77」

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