第60回 ImageJによるGUIの活用で学ぶ！

ImageJではユーザが独自にプログラム開発を行ってオリジナルのImageJを作成することができます。（その方法には、ImageJの開発用にパッケージ化されたJava言語のライブラリを用いる方法や、マクロというImageJ特有のマクロ言語を用いる方法の二つがあります。）

今回はImageJを使いやすくするために、ユーザ自らがアイコンなどを作成して、ImageJのルックアンドフィールをアレンジする方法を紹介します。

プラグインの準備

まず、ImageJでグラフィカルユーザインターフェース（GUI：ジーユーアイまたはグイ）を作成するためのプラグインをインストールします。プラグインファイルは”Action Bar Plugin”です。

http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:utilities:action_bar:start

このプラグインは、Jerome Mutterer氏（Institut de Biologie Moleculaire des Plantes, Strasbourg）によって作成されたものです。

このActionBarプラグインは、ダウンロード後、解凍して、フォルダごとPluginsフォルダにコピーすれば使えるようになります。フォルダ構成と内容は以下のようにしてみました。

ImageJ/plugins/ActionBar               Action Bar プラグイン用フォルダ

action_bar202.jar　　　　　　　　ActionBarフォルダにjarを配置

icons/　　　　　　　　　　　　　　ActionBarフォルダにiconsフォルダを作成

さっそく、ActionBarの動作を確認していきましょう。
次のようなGUIが自在に使えるようになりますよ。

（http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:utilities:action_bar:startより引用）

ユーザー自身でよく使うアイコンをあらかじめ作成しておき、開始時に表示させれば作業効率が向上します。

アイコンの操作方法

アイコンを独自でコントロールする場合に、ActionBarの構成を変更することができます。プラグインメニューから”ActionBar”を選択すれば、図のようなウィンドウが表示されます。

このウィンドウの中のタイトルに従って、テキストボックスを埋めていくと、独自のGUIを構成することができます。
前述の図のテキストボックス変更せず、デフォルトでOKボタンを押すと、次の図のようなGUIとマクロコードが自動表示されます。

このコードを改変すると、独自のGUIが作成できます。例として、次のようなコードに改変してみました。1つ目のボタンを以下のように変更してみます。

<line>

<button> 1 line 1

label=hello

icon=noicon

arg=<macro>

showMessage("Good luck");

</macro>

もし、ActionBarプラグインを起動させている場合は、一旦GUIを終了させてから、このマクロを、ImageJのメニューから"Run Macro"します。（もしくは、このコード上で、Ctrl+Rを押す）そうすると、ビルドされて、書き換えられたGUIが表示されます。

（ライン１の一つ目のボタンが変わり、ボタンを押すと、指定した文字列が表示される。）

このように、新しいボタンを作成するには以下のルールに従うようにします。

⑴新しいボタンは<button>タグを宣言する
⑵2番目のラインは、「label=」キーワードで続けて入力する
⑶3番目のラインは「icon=」キーワードで画像を入力できる
→ImageJ/Plugins/ActionBar/icons folder下に画像を用意しておくか、アイコンを使用しない場合は「noicon」キーワードを入力する。画像を用意する場合は、画像までの相対パスを"icon="以降に記録する（例えば、"VIS-test-ActBar/abc.png"など）。
⑷最後のコードには「arg=」キーワードを入力する。これはボタンキーが押された時に動作するアクションを入力する。

arg=の書き方は、標準的には1ラインで下記のように記述します。
arg=if(isOpen(“Log”)) selectWindow(“Log”); run(“Close”);

しかし、これではわかりにくという場合には、arg=の次に<macro></macro>または<tool></tool>を挟んで記述すれば、プログラムがわかりやすくなる場合があります。

・簡単な実行処理記述が長くなる時は<macro></macro>で囲む。

arg= <macro>
if (isOpen(“Log”)) {
selectWindow(“Log”);
run(“Close”);
}
</macro>

・ImageJ Tool機能を使う場合は、<tool></tool>で囲む。

arg=<tool>

getCursorLoc(x, y, z, flags);

print(“Pixel: ”+x+“ ”+y+“ Value: ”+getPixel(x,y));

</tool>

より詳しいGUIのタグの説明は割愛しますが、同プラグイン配布ページにPDFファイルによる詳細な説明があるので、参照してみてください。

（こちら）
http://imagejdocu.tudor.lu/lib/exe/fetch.php?media=plugin:utilities:action_bar:mutterer_workshop.pdf

ActionBarのフォルダ下には幾つかのサンプルマクロが入っているので、参考にしながら、独自のアイコンとイベント処理コードを書くのが最も近道です。特に画像を開くと、その画像に磁石のようにアタッチメントされるSticky Barマクロなどは、非常に便利なGUIマクロです。

FigureJ

もう一つ、このJerome Mutterer氏が新たに開発されているプラグイン「FigureJ」を続けてご紹介いたします。

http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:utilities:figurej:start

このプラグインは、ActionBarとは違い、論文やレポートに画像の図を綺麗に作る時に使われるツールです。

機能は以下の通りです。

簡単に図のレイアウトを作成
視覚的にパネルに画像を配置
画像のスケーリングやローテーション
ラベルやスケールバーの設置
パネルごとにオリジナルの画像データソースを扱える
保存と再編集
各パネルの編集ログと一緒に画像を一般的な画像フォーマットでエクスポート

インストールは、いつも通り、以下のJarファイルを一つのフォルダにまとめ、pluginsフォルダに配置します。

figurej_110b.jar → get it from this link

imagescience.jar → get it from Eric Meijering website http://www.imagescience.org/meijering/software/download/imagescience.jar

loci_tools.jar → get it from the LOCI website at http://loci.wisc.edu/bio-formats/downloads , choose the (stable release) version

LSM_Reader.jar → get it from this link and unzip it in your plugins folder.

インストールができたら、プラグインメニューからFigureJを起動してみます。すると、次のような小さいウィンドウが現れます。

この図の「New」または「Open」を押して、編集ウィンドウを開きます。今回は、「New」を押してみます。
すると、図の作成をするためのウィンドウの設定画面が現れるので、そのままデフォルトのままOKします。

そうすると、図を編集するためのメインウィンドウが立ち上がります。

ここで、レイアウトを決めてみます。例えば、2段にして、上を2列、下を1列にしてみます。この作業を行うには、図を表示するウィンドウをアクティブにしてから、設定画面の「Split -」「Split |」を使います。

（まず上下に分割）

（上の列を2つに分割）

それから、パネルに画像をはめ込んでいきます。任意のパネルを選択してから、Open imageから画像を選択して、切り取りたい領域をROIを調整したら、「OK」として、それぞれのパネルに画像をはめていきます。

（任意の画像を開き、カットしたい領域を選択）

（すべてをはめ込んだ後の画面）

そして、せっかくなら文字も、という場合も、「more」ボタンからOption画面を起動して、Panel labelsの設定を調整して、アクティブになっている画像パネルの四隅に好きな文字、例えば、ABCなどをそれぞれの図に順番につけることもできます。この機能を使わなくとも、ImageJのテキスト入力機能でも同じような操作が可能です。