2015年11月28日土曜日

第54回 ImageJによる顕微鏡画像処理 -マイクロマネージャーにおけるバイオイメージングデータのグループ管理-で学ぶ!

この記事は参考記事を援用して、筆者の考えも交えつつ、記述しています。

前回に引き続き「マイクロマネージャー(μManager)」の使用方法について説明を行います。
lmageJによる顕微鏡画像の画像処理は、医用画像処理とバイオイメージングの両方の特徴を知ることによって、それぞれの独特な画像処理機能が、お互いの領域に取り込まれれば、新たなバイオ・メディカル分野における複合画像処理が可能となります。

今回も、μManagerのホームページのミラーサイトページ(http://elegans.bio.nagoya-u.ac.jp/~tsukada/MicroManager/u_guide.html)を参考に、使用方法の説明をします。

画像グループの管理方法


多元的データ取得方法

複数画像のスタックを取得するには、取得コントロールダイアログを開く<Multi-D Acq.>ボタンを押しますμManagerは、マルチチャネル(長軸)やマルチフレーム(時間軸)、マルチスライス(Z)の生成もしくは、記のどのような組み合わせの構築も可能です。



このようなスタックは、5D imageして参照されます。5D imageは、マルチポジションで取得されます。ダイアログにあるコントロールを使って、チャネル、スライス、フレームを定義した後、<Acquire>ボタンを押すと、マルチチャネルの画像が取得されます。


こで表示されたウインドウは、“lmage5D Viewer”と呼ばれています。時間軸を持っている画像を取得した場合、このImage 5D Viewerから、ユーザーは続画像のプレイバック、チャネル表示、スライスやフレーム、メタデータの表示などが可能で、スタック画像の保存もできます。

チャネルは、"Channel group”をアクティブにしてから選択できます。チャネルグループは、インのμManagerコントールパネルで定義される構成プリセットグループに対応し ています。チャネルグループを切り替えると、以前に定義したすべてのチャネルは消去されます。

ユーザーは、それぞれのチャネルごとに任意の露光時間をセットする必要があり、また、チャネルの1つのメインオブジェクトが、他のチャネルの他の焦点プレーンである場合に役立つ、れぞれのチャネルごとのZ-offsetのセッティングも可能です。

ゼロ以外の番号を”Skip Frame”に設定すれば、フレームを入力した数字ごとに飛ばして表示できます。カラーの行をクリックすると、カラーセレクターが立ち上がり、Image5D Viewerのチャネルごとに使用されるカラーを選択することができます。Z-Slicesは、現在の位置(開始と終了の入力が必要)の相対位置と絶対位置の設定が可能です。

“Acquisition Order”は、それぞれのチャネルもしくはそれぞれのZ位置でのチャネルを切り替えた画像のZ軸スタックを実行します。“Use XY list”をチェックすると、ポジションリストで定義されたそれぞれの位置で画像取得が実行されます。

μManagerは非常に多くのユーザにメリットをもたらす機能を有しています。また、developer向けの情報も豊富に公開されています。
使わない手はありませんね。

バーストモードやスプリット表示機能は改良されて、GUIが変わったり、内蔵されたりして、少し操作が変わってきているようです。機会があれば、またご紹介させていただければと考えております。

ImageJでもたくさんのバイオサンプル画像が公開されていますが、このような機能を使って、シーケンシャルに取得されたんだろうなあと思う画像がたくさんあります。
筆者は、ミクロ画像よりCTやMRI、PETなどのマクロ画像を普段は取り扱うので、このような機能は非常に興味深く拝見させていただきました。
ぜひ今後に役立てていきたいです。

今回もμManagerの基本的な使用方法について説明を行いました。次回もバイオイメージ ングについてImageJの応用を説明します。 

参考記事:「山本修司:ImageJで学ぶ実践医用・バイオ画像処理.INNERVISION(25・1) 2010, p92-93」

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